พ.ศ. ๒๔๖๔ สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส สิ้นพระชนม์ นักธรรมชั้นเอกที่ทรงพระดำริไว้จึงยังไม่ได้จัดตั้งขึ้นตามพระประสงค์ในยุคของพระองค์ การศึกษานักธรรมจึงจัดได้เพียง ๒ ชั้น คือ นักธรรมชั้นตรี กับนักธรรมชั้นโท

พัดนักธรรม: เกียรติยศแห่งผู้รู้ธรรม เมื่อแรกตั้งนักธรรมชั้นตรีขึ้นนั้น สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ ได้โปรดให้ทำพัดรอง มีตราคณะสงฆ์ (ตราธรรมจักร) ประทานแก่ผู้สอบนักธรรมชั้นตรีได้ เพื่อเป็นการยกย่องนักธรรม ครั้นการสอบนักธรรมชั้นตรีแพร่หลายไป มีผู้สอบนักธรรมชั้นตรีได้มากขึ้น ผู้ได้รับประทาน พัดนักธรรม ก็มีมากขึ้น จนผู้ได้รับพัดนักธรรมไม่รู้สึกว่าเป็นเกียรติยศ จึงไม่ค่อยนิยมถือกัน

การศึกษานักธรรม ซึ่งเริ่มขึ้นเมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๕ นั้นได้รับความนิยมและแพร่หลายไปในหมู่ภิกษุสามเณรอย่างรวดเร็ว ทั้งในกรุงเทพฯ และในหัวเมืองมณฑลต่าง ๆ มีการเรียนการสอบกันอย่างกว้างขวาง ทายกทายิกาในถิ่นนั้น ๆ ก็พลอยยินดีและให้ความอุปถัมภ์บำรุงการสอบนักธรรมกันอย่างครึกครื้น บางแห่งทายกทายิกามาประชุมดูการเรียนการสอบนักธรรมกันอย่างเนืองแน่น

จากพระดำริที่จะส่งเสริมการศึกษาธรรมวินัยให้แพร่หลายไปสู่ภิกษุสามเณรอย่างทั่งถึงทุกระดับชั้นดังกล่าวแล้ว พ.ศ. ๒๔๕๖ สมเด็จพระมหาสมณเจ้าฯ จึงทรงปรับปรุงหลักสูตรองค์นักธรรมอีกครั้งหนึ่ง โดยรวมองค์นักธรรมประโยค ๑ และประโยค ๒ เข้าด้วยกันเป็น “นักธรรมชั้นตรี” และกำหนดหลักสูตรสอบความรู้ภิกษุสามเณรเป็น ๔ อย่างคือ

องค์สามเณรรู้ธรรมและองค์นักธรรม ที่สมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาวชิรญาณวโรรส ทรงพระดำริจัดขึ้นนั้น นอกจากทรงจัดหลักสูตรแล้ว ยังได้ทรงกำหนดระเบียบการสอบ ซึ่งประกอบด้วย จำนวนข้อปัญหา วิธีการเขียนตอบปัญหา วิธีการตรวจ วิธีการให้คะแนน และการตัดสินได้-ตก ไว้อย่างละเอียด ซึ่งขอนำมาบันทึกไว้ ดังนี้

การศึกษาของภิกษุสามเณรในประเทศไทยแต่โบราณมา คือการศึกษาภาษาบาลี ที่เรียกว่า การศึกษาพระปริยัติธรรม เป็นการศึกษาพระพุทธศาสนาในภาษาบาลี เพื่อให้รู้ภาษาบาลีสามารถอ่านพระคัมภีร์ของพระพุทธศาสนาได้โดยสะดวก เพราะคัมภีร์ของพระพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทดังที่นับถืออยู่ในประเทศไทยนั้น ล้วนจารึกไว้ด้วยภาษาบาลี